1、進口關稅的減稅及免稅
(1)貨物發生變質或損傷(Damage Cargo)
a、進口申報前發生變質、損傷的貨物，在進行申報時應考慮酌減關稅。
b、進口申報后至獲得進口許可前，貨物因所在地發生火災、水災等不可抗拒事件，導致變質或損傷的，可減征關稅。此時，進口商須在進口許可下達前向貨物所在地海關關長提交2份《損傷、變質減稅明細書》，記載貨物編號、品名、數量、變質損傷原因及程度、計劃減稅金額及其計算根據等。
(2)非變質、損傷貨物(Sound Cargo)
日本政府從國家政治、經濟、社會等政策出發，對一些商品規定了臨時或長期的減免稅政策。如，對于有利于國內設備現代化的某些機械類產品，有臨時規定的減免稅或退稅政策。
(3)關稅減免手續
申請減免稅時，須在進口申報書上注明減免稅有關事項，在申報時提出減免稅要求。
2、進口關稅的退稅
獲得進口許可并已繳納進口關稅的貨物，在獲得許可后繼續保存在保稅區或其它規定地點時，因災害等不可抗力原因而導致變質、損傷，按規定可退還全部或部分所繳關稅。災害結束后，進口商須立即向所在地海關提交《受災貨物報告書》，海關關長予以確認并發給確認書。災害結束后3個月內，進口商可憑上述確認書向貨物所在地管轄海關關長辦理受災貨物關稅返還申請。
3、國內消費稅的征收與免稅
日本規定進口酒類、糖類、揮發油、石油氣等商品時，在繳納進口關稅的同時，還須繳納國內消費稅，這類商品的國內消費稅手續一般與關稅一起辦理，不必單獨提出消費稅的申報書。因各種原因免征進口關稅的貨物，其國內消費稅也相應免除。